نشأ مركز التميز في تقنية تحلية المياه مع توقيع عقد التمويل الخاص به بين كل من وزارة التعليم العالي وبين جامعة الملك عبدالعزيز في اليوم العاشر من شهر رجب 1429هـ الموافق 13 من شهر يوليو 2008م، و قد تم تتويج ذلك بقرار معالي مدير جامعة الملك عبدالعزيز بانشاء المركز في الأول من شهر رمضان المبارك عام 1429هـ.
ويأتي إنشاء مركز التميز البحثي في تقنية تحلية المياه في جامعة الملك عبدالعزيز يتطابق مع خطتها الاستراتيجية للتحول الى جامعة بحثية رائدة كما يمثل الإستثمار الأمثل لما تملكه الجامعة من إمكانيات علمية وفنية وتجهيزات ومعامل ذات صله بتقنية التحلية والتي من ابرزها :
- توفر قاعدة بحثية عريضة من أعضاء هيئة التدريس وطلاب الدراسات العليا والفنيين ذوي الخبرة في مجالات تقنية تحلية المياه.
- إنفراد الجامعة بوجود عدد من الأقسام العلمية والكليات والمراكز البحثية المتخصصة في مجالات وثيقة الصلة بتحلية المياه كقسم الهندسة الحرارية وتقنية تحلية المياه، كلية علوم البحار، كلية الأرصاد والبيئة وزراعة المناطق الجافة، مركز أبحاث المياه، ومركز التميز في الدراسات البيئية.
- امتلاك الجامعة لمعامل وتجهيزات ذات صلة بتقنية تحلية المياه, منها معمل تحلية المياه بالبخر الوميضي، معمل تحلية المياه بالتناضح العكسي, محطة توليد البخار, معمل انتقال الحرارة بالإتصال المباشر، معمل انتقال الحرارة التقليدي, محطة معالجة المياه واسترجاع المعادن, معمل تحليل المياه, معمل المواد, معمل التآكل وغيرها.
- امتلاك الجامعة لموقعين على ساحل البحر الأحمر الأول في مدينتي جدة و رابغ.